La dificultad diagnóstica radica en la baja prevalencia individual de cada enfermedad, la presentación clínica heterogénea y la superposición de síntomas con patologías más comunes. Un médico promedio puede no ver más de uno o dos casos en toda su carrera, lo que reduce la sospecha diagnóstica inicial.

El retraso diagnóstico en enfermedades raras puede extenderse de 5 a 10 años en promedio, con consecuencias significativas en la progresión de la enfermedad, calidad de vida y opciones terapéuticas disponibles. La identificación temprana mejora el pronóstico y permite intervenciones más efectivas.

Se debe considerar la derivación ante síntomas multisistémicos inexplicados que no responden al tratamiento habitual, afectación de múltiples órganos en un paciente joven, o cuando existe historia familiar sugestiva de enfermedad hereditaria. La derivación oportuna es clave para confirmar el diagnóstico.